我國是一個集裝箱貿易的大國，航運業的發展促使了我國集裝箱業務更大的發展，隨著我國和WTO的緊密結合，國際貿易的發展，集裝箱也起到了很大的作用。目前，全球的的航線上正在使用的集裝箱達到2400萬TEU，深圳市有我國大的集裝箱碼頭群，蛇口、赤灣、瑪灣、東膠頭、福永等。目前已經投入港口建設資金超過300億元。

截至2007年，共建成碼頭岸線25000米，擁有經營性泊位49個。集裝箱貨船專用泊位50個。經營性泊位92個，其中萬噸級以上泊位3個。形成了年綜合吞吐能力10692萬TEU。其中集裝箱吞吐能力912萬標準箱（包含非專業集裝箱碼頭能力）。2005年三大集裝箱碼頭吞吐量分別為：鹽田國際集裝箱碼頭735萬標準箱，同比增長17.5%；蛇口集裝箱碼頭234.6萬標準箱。同比增長14.2%，赤灣集裝箱碼頭314萬標準箱，同比增長17.4%。